İlk ve orta okulu Kırşehir -Boztepe ilçesinde derece ile tamamladı. Lisesiyi Kırşehir lisesinde tamamlayan Prof. Dr. Ergün Seyfeli, 1997 yılında Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesini birincilikle bitirdi. Aynı yıl Erciyes Üniversitesi Tıp Fakültesi Kardiyoloji AD. dalında asistanlık eğitimine başladı.
2002 yılında 6 ay kadar Sivas Numune Hastanesinde Kardiyoloji uzmanı olarak çalıştıktan sonra Hatay-Mustafa Kemal Üniversitesine kurucu bölüm başkanı olarak başladı.
2003-2004 yıllarında Bursa Asker Hastanesinde vatani görevini tamamladıktan sonra 2007 yılında Doçentlik unvanını aldı.
2009 yılında Kayseri Acıbadem Hastanesi Kardiyoloji kliniğinde çalışmaya başladı. 2013 yılında Acıbadem Üniversitesinde Prof. unvanını aldı. Halen Acıbadem Üniversitesi ve Kayseri Acıbadem hastanesinde görevine devam etmektedir.